Vedi anche: Condivisione di dati su COVID-19 | Servizi per la ricerca su COVID-19
Dati disponibili su COVID-19
Risorse di riferimento
In questa sezione sono elencate le principali risorse di riferimento internazionali per i dati di imaging. Parte di queste risorse sono le Core Data Resources di ELIXIR, una selezione di risorse europee di fondamentale importanza per la comunità delle scienze della vita e per la conservazione a lungo termine dei dati biologici.
L’Istituto europeo per la ricerca biomedica per immagini (EIBIR) è un’organizzazione dedicata al coordinamento di progetti di ricerca e mira a sostenere lo sviluppo di tecnologie di imaging biomedico e la diffusione della conoscenza. EIBIR è un’organizzazione di ricerca senza scopo di lucro fondata dalla Società europea di radiologia. Sul sito EIBIR una pagina dedicata fornisce una sintesi dei set di dati di imaging COVID-19 curati per l’insegnamento, la formazione e la ricerca.
Il BioImage Archive è una risorsa ospitata presso l’EMBL-EBI che mira a facilitare l’accesso a set di dati di immagini scientifiche legate a una pubblicazione o a studi pubblici di ricerca di base, preclinica e clinica.
L’Electron Microscopy Public Image Archive (EMPIAR) è un database per immagini grezze di microscopia elettronica 2D e dati di tomografia.
L’NIH negli Stati Uniti ha lanciato il National COVID Cohort Collaborative (N3C) Program per raccogliere e analizzare i dati clinici relativi al COVID-19, che attualmente non comprende l’imaging. Considerando l’urgente necessità di avere i dati di immagine COVID-19 per tutti gli stadi della malattia liberamente disponibili per la comunità di ricerca, il programma di imaging del NCI Cancer Imaging Program (CIP) sta utilizzando il suo Cancer Imaging Archive (TCIA) come risorsa per rendere pubblici i set di immagini, in quanto è già pronto per raccogliere e organizzare a breve termine immagini dei pazienti COVID-19 per un riferimento immediato da parte della comunità.
Set di dati COVID-19 disponibili su TCIA:
CT Images in COVID-19 Un set di immagini composto da tomografie computerizzate del torace (TC) di 632 pazienti con infezione da COVID-19.
Immagini del torace con correlazioni cliniche e genomiche che rappresentano una popolazione rurale positiva a COVID-19 Una raccolta di studi radiografici e di tomografia computerizzata per pazienti positivi al COVID-19. Ogni paziente è descritto da una serie limitata di dati clinici correlati che includono dati demografici, comorbidità, dati di laboratorio e risultati radiologici selezionati. Questi dati sono collegati ai dati della sequenza di cDNA SARS-COV-2 estratti da isolati clinici della stessa popolazione, caricati nel repository di Genbank.
Medical Imaging Data Resource Center - RSNA International COVID Radiology Database Release 1a - Chest CT Covid+ (MIDRC-RICORD dataset 1a) La Radiological Society of North America (RSNA) ha organizzato (v. RSNA International COVID-19 Open Radiology Database (RICORD)) una raccolta di set di dati di imaging relativi a COVID e di annotazioni di esperti a supporto della ricerca e della formazione, denominata MIDRC-RICORD dataset 1a, composta da 120 TAC toraciche provenienti da quattro siti internazionali con dettagliate annotazioni di segmentazione e diagnostiche.
La Radiological Society of North America (RSNA) fornisce una pagina dedicata alla pandemia COVID-19 con linee guida, strumenti e immagini per la ricerca e la formazione. L’accesso a un forum per la comunità di imaging COVID-19 è disponibile anche su registrazione.
Risorse presso il portale europeo dei dati COVID-19
- Il Portale Dati Europeo COVID-19 è una risorsa svilupata presso l’Istituto Europeo di Bioinformatica (EMBL-EBI) e propone una raccolta di dati relativi alla SARS-CoV-2 con una pagina dedicata ai dati di imaging.
Risorse sviluppate in Italia
La Società Italiana di Radiologia Medica e Interventistica (SIRM) fornisce un database curato di casi selezionati di Covid-19, con dati di imaging RX e TC raccolti presso gli ospedali italiani (N=68 al 24 novembre 2020). Il sito fornisce un report strutturato (https://www.sirm.org/en/2020/03/31/covid-19-structured-report/) per i fornitori di dati relativi alla TC toracica dei casi di Covid-19
Le immagini TAC assiali disponibili nel database SIRM (vedi sopra) sono state segmentate da un radiologo per il progetto MEDSEG per la segmentazione delle immagini TAC manuale o assistita da strumenti di intelligenza artificiale. Datiset di 100 immagini TAC assiali da >40 pazienti utilizzando 3 etichette: vetro smerigliato, consolidamento ed effusione pleurica.