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Dati sulle Proteine

Vedi anche: Condivisione di dati su COVID-19 | Servizi per la ricerca su COVID-19

Dati disponibili su COVID-19

Risorse di riferimento

In questa sezione sono elencate le principali risorse di riferimento a livello internazionale per i dati proteici. Parte delle risorse qui elencate sono classificate come ELIXIR Core Data Resources, una selezione di risorse europee definite di fondamentale importanza per la comunità delle scienze della vita e per la conservazione a lungo termine dei dati biologici.

Risorse presso lo European COVID-19 Data Portal

  • Lo European COVID-19 Data Portal è una risorsa sviluppata dallo European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) e propone una raccolta di dati relativi a sequenze, funzione e classificazione di proteine di SARS-CoV-2 e umane, coinvolte nell’infezione (la risorsa è basata su dati UniProt).

Risorse sviluppate in Italia

  • Il Molecular INTeraction database (MINT) è un database che annota interazioni proteina-proteina pubblicate in letteratura e curate manualmente da un team di esperti biocuratori. MINT è parte delle ELIXIR Core Data Resources ed è stato sviluppato dalla Bioinformatics and Computational Biology Unit dell’Università di Roma Tor Vergata. MINT insieme ai membri del consorzio internazionale IMEx ha recentemente annotato dati di interazioni proteina-proteina tra SARS-CoV2 e ceppi correlati di Coronaviridae e il loro ospite. Ad oggi sono state annotate e rese pubblicamente disponibili oltre 6900 interazioni molecolari provenienti da oltre 220 articoli scientifici.

  • Il database SIGnaling Network Open Resource (SIGNOR 2.0) raccoglie in un formato strutturato le informazioni di signaling pubblicate in letteratura tramite relazioni causali binarie tra entità biologiche, rendendo possibile la loro rappresentazione grafica sotto forma di flussi. La risorsa è sviluppata e mantenuta presso la Bioinformatics and Computational Biology Unit dell’Università di Roma Tor Vergata. Nella pagina dedicata COVID-19 Causal Networks sono disponibili i pathways cellulari modulati durante l’infezione da SARS-CoV2. SIGNOR 2.0 partecipa attivamente al progetto internazionale COVID-19 Disease Map.

  • MobiDB è un database contenente annotazioni sul disordine proteico e la mobilità/flessibilità strutturale. La presenza di disordine/flessibilità nella strutture proteiche è nota facilitare la possibilità di interagire con altri partner come enzimi e recettori, nonché influenzare la funzione della proteina stessa. La risorsa è sviluppata dal BioComputing UP lab. dell’Università degli Studi di Padova. Una specifica sezione è stata sviluppata per le proteine di SARS-CoV-2, come la glicoproteina Spike predetta come disordinata nella porzione C-terminale.

  • DisProt è un database di proteine intrinsecamente disordinate in cui l’annotazione è curata manualmente. La risorsa è sviluppata dal BioComputing UP lab. dell’Università degli Studi di Padova. Una specifica sezione è stata sviluppata per le proteine di SARS-CoV-2.

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