Delta Tempo

Intervallo di tempo tra isolamento genoma e disponibilità della sequenza. Aggiornamento 1° Marzo

Pubblicato: 12 March 2021

La figura rappresenta la distribuzione (insieme dei valori) dell’intervallo di tempo (in settimane) che intercorre in diversi paesi tra l’isolamento di un campione di SARS-CoV-2 e la deposizione della corrispondente sequenza genomica in una banca dati pubblica. Sono rappresentati esclusivamente i paesi per cui 1000 o più genomi del patogeno sono disponibili in banche dati pubbliche.

Delta Tempo — L’intervallo di tempo è indicato in settimane sull’asse delle X. I diversi paesi sull’asse delle Y. La distribuzione (insieme dei valori) per ogni paese è rappresentata nella forma di un “boxplot” (diagramma degli estremi e dei quartili). Questo tipo di grafico, viene rappresentato tramite un rettangolo diviso in due parti, da cui si prolungano due segmenti. Il rettangolo è delimitato dal primo (25%) e dal terzo (75%) quartile dei dati, la linea all’interno del rettangolo rappresenta la mediana. I segmenti, detti anche “baffi”, indicano il valore minimo e massimo. Per facilitare il confronto i dati sono ordinati in ordine decrescente dal Paese con il valore mediano più alto al paese con il valore più basso.
La linea rossa tratteggiata rappresenta il valore mediano di tutti i paesi considerati in questa analisi, sulla base dei dati disponibili al precedente aggiornamento (23/01/2021).

Questo grafico di fornisce una panoramica del tempo necessario in diversi paesi per completare il sequenziamento di un genoma di SARS-CoV-2 e rendere la sequenza pubblicamente disponibile in una banca dati.

SARS-CoV-2 è l’agente eziologico (il patogeno che causa la malattia) di COVID-19. Sequenziare il genoma del patogeno consente di studiarne l’evoluzione e individuare nuovi ceppi o nuove varianti del virus. Questo approccio, noto come “sorveglianza genomica”, è la prima linea di difesa contro la diffusione di varianti più pericolose del virus, e allo stesso tempo può fornire indicazioni utile per lo sviluppo di nuovi vaccini o farmaci. Un sistema di sorveglianza genomica per essere efficace, richiede che le sequenze del genoma del patogeno vengano rese disponibile nel minor tempo possibile. Questo grafico riporta per ogni singolo paese, l’intervallo di tempo che intercorre tra l’isolamento di un campione di SARS-CoV-2 e la deposizione della corrispondente sequenza genomica in una banca dati pubblica. Il grafico offre una misura della “rapidità” dei diversi sistemi di sorveglianza genomica. In questo caso valori piccoli (idealmente prossimi allo 0) sono da considerarsi migliori, mentre intervalli di tempo prolungati lunghi possono compromettere l’efficacia dei sistemi di sorveglianza.

La linea rossa tratteggiata, mostra la “rapidità” mediana calcolata sulla base dei dati disponibili al precedente aggiornamento (23/01/2021). Il nuovo grafico include una quantità maggiore di dati, ossia tutti i genomi depositati dal 24/01/2021 ad oggi 28/02/2021.

Dal momento che i “box” (o scatole) sono per la maggior parte allineati a sinistra della linea rossa (mediana al 23/01/2021), questo significa che i tempi di deposizione delle sequenze in banca dati si sono accorciati per la maggior parte dei paesi considerati.

Ad esempio, per l’Italia i tempi si sono ridotti da ~18 a 12.5 settimane.

Nel complesso il confronto indica una migliore efficienza dei sistemi di sorveglianza a livello mondiale e nazionale

Le analisi sono basate sui dati disponibili al 1° Marzo 2021

Fonte: https://www.gisaid.org/