Prevalenza delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico
Pubblicato: 10 May 2021
Per facilitare il confronto ed identificare le varianti che potrebbero aver aumentato la propria prevalenza, vengono riportati sia i dati riferiti al periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021), sia i dati riferiti al periodo precedente (dal 27 Dicembre 2020 al 26 Febbraio 2021).
Le tabelle riportano la prevalenza percentuale rilevata per tre varianti di SARS-CoV-2, più comunemente note come “Variante Inglese” (B.1.1.7), “Variante Sudafricana” (B.1.351) e “Variante Brasiliana” (P.1), oggetto di approfondita osservazione per la loro potenziale rilevanza epidemiologica e per questo definite Variants of Concern o VOC.
Table 1 riporta la prevalenza delle tre varianti in diversi paesi (sia europei che extraeuropei) nel periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021).
Table 2 riporta dati equivalenti ma riferiti al periodo precedente (dal 27 Dicembre 2020 al 26 Febbraio 2021). In entrambe le tabelle il numero totale di genomi disponibili per ciascun paese nell’intervallo di tempo considerato è riportato nell’ultima riga.
Table 3 riporta la prevalenza delle varianti sopra citate nelle diverse regioni italiane nei medesimi intervalli temporali. La colonna “Total genomes” riporta il numero di genomi considerati ai fini del calcolo della prevalenza.
IMPORTANTE: Dal momento che i dati sono riportati in maniera frammentaria e poco omogenea tra le diverse regioni italiane e tra diversi paesi, le informazioni riportate in questa analisi hanno valore puramente descrittivo e non necessariamente rappresentano la situazione reale.
IMPORTANTE: le analisi qui riportate, per quanto siano il più possibile complete ed aggiornate, difficilmente possono offrire una panoramica sufficientemente precisa della reale situazione in quanto i dati vengono raccolti e resi disponibili in maniera frammentaria ed in modo non uniforme nel tempo. Al fine di ottenere un quadro più chiaro, in futuro sarà necessario sequenziare su base regolare un numero maggiore di sequenze genomiche e condividerle in banche dati che permettano l’accesso senza alcun tipo di restrizione.
Varianti di possibile rilevanza epidemiologica
B.1.1.7 (Variante Inglese)
Emersa nel Sud del Regno Unito nel Dicembre 2020, è attualmente la variante predominante in Europa. La variante B.1.1.7 ha dimostrato di avere una maggiore trasmissibilità rispetto alle varianti circolanti in precedenza. Osservazioni preliminari suggeriscono una maggiore gravità della malattia, anche se ulteriori verifiche sperimentali e indagini cliniche sono necessarie.
Al 27 Aprile 2021 la presenza di B.1.1.7 è stata verificata in 128 paesi nel mondo.
Andando a confrontare i valori riportati in Table 1 e Table 2 è possibile osservare come la prevalenza di B.1.1.7 in Italia abbia subito un notevole incremento nell’intervallo di tempo tra il 27 Febbraio e il 28 Aprile 2021 andando più che a raddoppiare i valori registrati nel periodo precedentemente analizzato (dal 27 Dicembre 2020 al 26 Febbraio 2021) e passando da una prevalenza del 34.30% a una dell’ 81.14%. Un trend di crescita simile si può osservare anche in Germania (da 34.23% a 83.68%) e in Francia (da 47.20% a 73.82%). B.1.1.7 si riconferma inoltre il lineage preponderante nel Regno Unito con un ulteriore incremento della propria prevalenza del 10% circa rispetto ai valori registrati nell’ultimo update. Per quanto riguarda i paesi extra-Europei B.1.1.7 ha accresciuto notevolmente la propria presenza negli Stati Uniti nei quali la prevalenza di tale variante è passata dal 6.78% al 43%, mentre la sua presenza rimane estremamente ridotta in Brasile e Sud Africa.
Osservando dati riportati in Table 3 è possibile notare come, stando alle sequenze genomiche disponibili, la diffusione di B.1.1.7 sembrerebbe non essere uniforme nelle diverse regioni. Nonostante ciò è comunque possibile osservare un aumento generalizzato della prevalenza di B.1.1.7 nel periodo dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021 rispetto all’arco temporale oggetto di analisi precedenti.
Tuttavia, è bene sottolineare come i dati riportati in Table 3 rappresentino una stima della reale prevalenza di B.1.1.7 nelle diverse regioni italiane e che non è ancora possibile ricavare un quadro più preciso a causa della disomogeneità regionale nella raccolta dei dati genomici e nella loro diffusione, nonostante si sia registrato un incoraggiante aumento nel numero di sequenze prodotte rispetto al periodo dal 27 Dicembre 2020 al 26 Febbraio 2021. Inoltre è bene tener conto del fatto che la crescente attenzione non solo epidemiologica, ma anche e soprattutto mediatica, rispetto all diffusione di questa e di altre varianti di interesse epidemiologico potrebbe aver determinato una sovrastima dei valori di prevalenza (considerazione da applicare in particolar modo a quelle regioni in cui la prevalenza stimata di B.1.1.7 è superiore al 90%).
P.1 (Variante Brasiliana)
La variante P.1 è stata per la prima volta segnalata dal Giappone il 10 Gennaio 2021 in quattro viaggiatori in arrivo dal Brasile, e successivamente identificata anche in Corea del Sud sempre in viaggiatori provenienti dal medesimo paese. Indagini preliminari condotte a Manaus, nello Stato di Amazonas, riportano un aumento della percentuale di casi identificati come variante P.1, dal 52,2% (35/67) nel Dicembre 2020 all'85,4% (41/48) nel gennaio 2021, evidenziando una trasmissione locale in corso e suggerendo una potenziale maggiore trasmissibilità o propensione alla reinfezione.
Al 27 Aprile 2021 la presenza di P.1 è stata verificata in 45 paesi nel mondo.
In linea con la tendenza crescente già osservata nei primissimi momenti del monitoraggio della diffusione di P.1, il confronto tra Table 1 e Table 2 mostra come tale variante sia diventata decisamente preponderante in Brasile (paese nel quale è stata identificata per la prima volta) con una prevalenza che, nell’intervallo di tempo dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021, è passata dal 39.51% del periodo precedente (dal 27 Dicembre 2020 al 26 Febbraio 2021) all’80.37%.
Per quanto riguarda gli altri paesi presi in considerazione nell’analisi proposta si osserva come, al netto di un lieve incremento nel numero si sequenze di P.1 depositate in banca dati, la presenza di tale variante rimanga generalmente molto ridotta.
B.1.351 (Variante Sudafricana)
La variante B.1.351 (nota anche come 501Y.V2) è stata identificata per la prima volta in Sud Africa nel Dicembre 2020, dove è attualmente la variante più diffusa. Dati preliminari indicano che anche questa variante possa essere caratterizzata da maggiore trasmissibilità, al momento non è però chiaro se provochi differenze nella gravità della malattia.
Al 27 Aprile 2021 la presenza di B.1.351 è stata verificata in 70 paesi nel mondo.
Come è possibile osservare dai dati riportati in Table 1 e Table 2, B.1.351 risulta essere molto poco diffusa al di fuori del Sud Africa, dove rappresenta il lineage preponderante con una prevalenza che ormai si assesta intorno al 99%.
Fonti: GISAID (dati genomici), ECDC (Variants of Concern), WHO (dati epidemiologici)