Prevalenza delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico
Pubblicato: 24 June 2021
Per facilitare il confronto ed identificare le varianti che potrebbero aver aumentato la propria prevalenza, vengono riportati sia i dati riferiti al periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021), sia i dati riferiti al periodo precedente (dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021).
Le tabelle riportano la prevalenza percentuale rilevata per quattro varianti di SARS-CoV-2, denominate variante Alpha (B.1.1.7), variante Beta (B.1.351), variante Gamma (P.1) e variante Delta (B.1.617.2), oggetto di approfondita osservazione per la loro potenziale rilevanza epidemiologica e per questo definite Variants of Concern o VOC. Maggiori informazioni riguardanti il nuovo sistema di nomenclatura adottato dalla World Health Organization (WHO), possono essere trovate qui.
Table 1 riporta la prevalenza delle quattro varianti in diversi paesi (sia europei che extraeuropei) nel periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021).
Table 2 riporta dati equivalenti ma riferiti al periodo precedente (dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021). In entrambe le tabelle il numero totale di genomi disponibili per ciascun paese nell’intervallo di tempo considerato è riportato nell’ultima riga.
Table 3 riporta la prevalenza delle varianti sopra citate nelle diverse regioni italiane nei medesimi intervalli temporali. La colonna “Total genomes” riporta il numero di genomi considerati ai fini del calcolo della prevalenza.
IMPORTANTE: Dal momento che i dati sono riportati in maniera frammentaria e poco omogenea tra le diverse regioni italiane e tra diversi paesi, le informazioni riportate in questa analisi hanno valore puramente descrittivo e non necessariamente rappresentano la situazione reale.
IMPORTANTE: le analisi qui riportate, per quanto siano il più possibile complete ed aggiornate, difficilmente possono offrire una panoramica sufficientemente precisa della reale situazione in quanto i dati vengono raccolti e resi disponibili in maniera frammentaria ed in modo non uniforme nel tempo. Al fine di ottenere un quadro più chiaro, in futuro sarà necessario sequenziare su base regolare un numero maggiore di sequenze genomiche e condividerle in banche dati che permettano l’accesso senza alcun tipo di restrizione.
Varianti di possibile rilevanza epidemiologica
B.1.1.7 (variante Alpha)
Emersa nel Sud del Regno Unito nel Dicembre 2020, è attualmente la variante predominante in Europa. La variante B.1.1.7 ha dimostrato di avere una maggiore trasmissibilità rispetto alle varianti circolanti in precedenza. Osservazioni preliminari suggeriscono una maggiore gravità della malattia, anche se ulteriori verifiche sperimentali e indagini cliniche sono necessarie.
Al 15 Giugno 2021 la presenza di B.1.1.7 è stata verificata in 164 paesi nel mondo.
Andando a confrontare i valori riportati in Table 1 e Table 2 è possibile osservare come la prevalenza di B.1.1.7 in Italia sia rimasta pressoché invariata nell’intervallo di tempo tra il 29 Aprile e il 15 Giugno 2021 rispetto ai valori registrati nel periodo precedentemente analizzato (dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021). Negli altri paesi europei, invece, è ancora possibile osservare una lieve crescita della prevalenza di tale lineage la quale è passata dal 72.45% al 79.60% in Francia e dal 86.52% al 92.57% in Germania. Emblematico è il caso del Regno Unito nel quale B.1.1.7 era il lineage prevalente fino allo scorso aggiornamento mentre, ad oggi, ha registrato un notevole calo passando dal 96.83% al 36.89%. Tale diminuzione nella presenza di B.1.1.7 potrebbe essere correlato alla concomitante diffusione, nel Regno Unito, della variante Delta (B.1.617.2). Per quanto riguarda i paesi extra-Europei B.1.1.7 ha accresciuto ulteriormente la propria presenza negli Stati Uniti nei quali la prevalenza di tale variante è passata dal 51.14% al 66.75%, mentre la sua presenza, per quanto in alcuni casi accresciuta, rimane comunque piuttosto ridotta in Brasile e Sud Africa. Infine, in India si osserva un trend simile a quanto visto nel Regno Unito, con un estremo calo nella prevalenza della variante Alpha (B.1.1.7) la quale è passata dal 18.07% al 1.67%.
Osservando dati riportati in Table 3 è possibile notare come, stando alle sequenze genomiche disponibili, la diffusione di B.1.1.7 sembrerebbe non essere uniforme nelle diverse regioni italiane. Nonostante ciò è comunque possibile osservare un aumento generalizzato della prevalenza di B.1.1.7 nel periodo dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021 rispetto all’arco temporale oggetto di analisi precedenti.
Tuttavia, è bene sottolineare come i dati riportati in Table 3 rappresentino una stima della reale prevalenza di B.1.1.7 nelle diverse regioni italiane e che non è ancora possibile ricavare un quadro più preciso a causa della disomogeneità regionale nella raccolta dei dati genomici e nella loro diffusione, nonostante si sia registrato un incoraggiante aumento nel numero di sequenze prodotte rispetto al periodo dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021.
P.1 (variante Gamma)
La variante P.1 è stata per la prima volta segnalata dal Giappone il 10 Gennaio 2021 in quattro viaggiatori in arrivo dal Brasile, e successivamente identificata anche in Corea del Sud sempre in viaggiatori provenienti dal medesimo paese. Indagini preliminari condotte a Manaus, nello Stato di Amazonas, riportano un aumento della percentuale di casi identificati come variante P.1, dal 52,2% (35/67) nel Dicembre 2020 all'85,4% (41/48) nel gennaio 2021, evidenziando una trasmissione locale in corso e suggerendo una potenziale maggiore trasmissibilità o propensione alla reinfezione.
Al 15 Giugno 2021 la presenza di P.1 è stata verificata in 68 paesi nel mondo.
Il confronto tra Table 1 e Table 2 mostra come tale P.1 sia rimasto il lineage più diffuso in Brasile (paese nel quale è stata identificata per la prima volta) con una prevalenza che si attesta intorno al 60%.
Per quanto riguarda gli altri paesi presi in considerazione nell’analisi proposta si osserva come, al netto di un lieve incremento nel numero si sequenze di P.1 depositate in banca dati, la presenza di tale variante rimanga generalmente molto ridotta.
B.1.351 (variante Beta)
La variante B.1.351 è stata identificata per la prima volta in Sud Africa nel Dicembre 2020, dove è attualmente la variante più diffusa. Dati preliminari indicano che anche questa variante possa essere caratterizzata da maggiore trasmissibilità, al momento non è però chiaro se provochi differenze nella gravità della malattia.
Al 15 Giugno 2021 la presenza di B.1.351 è stata verificata in 115 paesi nel mondo.
Come è possibile osservare dai dati riportati in Table 1 e Table 2, B.1.351 risulta essere molto poco diffusa al di fuori del Sud Africa, dove rappresenta il lineage preponderante.
B.1.617.2 (variante Delta)
B.1.617.2 è stato identificato per la prima volta in India nel Dicembre 2020 e si è rapidamente affermato come lineage più diffuso all’interno del paese, portando, nell’Aprile 2021, ad un estremo aumento nel numero di casi e morti giornaliere e al sovraccarico dei sistemi sanitari.
Al 15 Giugno 2021 la presenza di B.1.617.2 è stata verificata in almeno 80 paesi nel mondo.
Confrontando i valori riportati in Table 1 e Table 2 è subito evidente come B.1.617.2 sia il lineage maggiormente rappresentato in India (paese nel quale è stato isolato per la prima volta) e come la sua prevalenza sia quasi raddoppiata nel periodo dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021 rispetto all’intervallo di tempo preso in considerazione nel precedente aggiornamento (dal 27 Febbraio al 28 Aprile 2021), passando dal 32.02% al 76.87%. Un trend di crescita altrettanto rapido può essere osservato anche nel caso del Regno Unito, dove la prevalenza di B.1.617.2 è passata da un valore pari a poco meno dell’1% al 61.33% negli ultimi due mesi. Per quanto riguarda gli altri paesi analizzati, tanto europei quanto extraeuropei, è possibile osservare un lieve aumento della prevalenza di tale lineage il quale rimane tuttavia poco rappresentato.
Fonti: GISAID (dati genomici), ECDC (Variants of Concern), WHO (dati epidemiologici)