Prevalenza delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico
Pubblicato: 17 July 2021
Per facilitare il confronto ed identificare le varianti che potrebbero aver aumentato la propria prevalenza, vengono riportati sia i dati riferiti al periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021), sia i dati riferiti al periodo precedente (dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021). Infine, i dati contenuti nelle tabelle sono rappresentati anche in forma di grafico a barre.
Le tabelle riportano la prealenza rilevata per quattro varianti di SARS-CoV-2, denominate variante Alpha (B.1.1.7), variante Beta (B.1.351), variante Gamma (P.1) e variante Delta (B.1.617.2), oggetto di approfondita osservazione per la loro potenziale rilevanza epidemiologica e per questo definite Variants of Concern o VOC. Maggiori informazioni riguardanti il nuovo sistema di nomenclatura adottato dalla World Health Organization (WHO), possono essere trovate qui.
Table 1 riporta la prevalenza delle quattro VOC in diversi paesi (sia Europei che extra-Europei) nel periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021).
Table 2 riporta dati equivalenti ma riferiti al periodo precedente (dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021). In entrambe le tabelle il numero totale di genomi disponibili per ciascun paese nell’intervallo di tempo considerato è riportato nell’ultima riga.
Il grafico a barre permette di visualizzare in maniera schematica i dati contenuto in Table1 e Table2.
IMPORTANTE: Dal momento che i dati sono riportati in maniera frammentaria e poco omogenea tra diversi paesi, le informazioni riportate in questa analisi hanno valore puramente descrittivo e non necessariamente rappresentano la situazione reale.
IMPORTANTE: le analisi qui riportate, per quanto siano il più possibile complete ed aggiornate, difficilmente possono offrire una panoramica sufficientemente precisa della reale situazione in quanto i dati vengono raccolti e resi disponibili in maniera frammentaria ed in modo non uniforme nel tempo. Al fine di ottenere un quadro più chiaro, in futuro sarà necessario sequenziare su base regolare un numero maggiore di sequenze genomiche e condividerle in banche dati che permettano l’accesso senza alcun tipo di restrizione.
Varianti di possibile rilevanza epidemiologica
B.1.1.7 (variante Alpha)
Emersa nel Sud del Regno Unito nel Dicembre 2020, è stata per lungo tempo la variante predominante in Europa. La variante B.1.1.7 ha dimostrato di avere una maggiore trasmissibilità rispetto alle varianti circolanti in precedenza. Osservazioni preliminari suggeriscono una maggiore gravità della malattia, anche se ulteriori verifiche sperimentali e indagini cliniche sono necessarie.
Al 13 Luglio 2021 la presenza di B.1.1.7 è stata verificata in 178 paesi nel mondo.
Andando a confrontare i valori riportati in Table 1 e Table 2 è possibile osservare come la prevalenza di B.1.1.7 in Italia si sia fortemente ridotta nell’intervallo di tempo tra il 16 Giugno e il 13 Luglio 2021 rispetto ai valori registrati nel periodo precedentemente analizzato (dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021). Un trend simile può essere osservato anche in altri paesi Europei, dove la prevalenza di tale lineage è significativamente calata (in alcuni casi quasi dimezzata), passando dal 76.88% al 42.65% in Francia e dal 89.66% al 40.43% in Germania. Per quanto riguarda il Regno Unito, dove B.1.1.7 è stato isolato per la prima volta ed è stato a lungo il lineage maggiormente diffuso, si registra una ulteriore ed importante calo della prevalenza della variante Alpha, la quale è scesa all’1.14%. Tale diminuzione è molto probabilmente correlata alla concomitante diffusione, nel Regno Unito, della variante Delta (B.1.617.2).
Per quanto riguarda i paesi extra-Europei B.1.1.7 ha diminuito la propria presenza negli Stati Uniti nei quali la prevalenza di tale variante è passata dal 64.29% al 25.98%. Inoltre la presenza della variante Alpha si riconferma essere estremamente ridotta in Brasile e Sud Africa. Infine, in India la prevalenza di B.1.1.7, pari al 2.09% nell’ultimo aggiornamento pubblicato (periodo dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021), è calata ulteriormente ed è ora prossima allo 0.
P.1 (variante Gamma)
La variante P.1 è stata per la prima volta segnalata dal Giappone il 10 Gennaio 2021 in quattro viaggiatori in arrivo dal Brasile, e successivamente identificata anche in Corea del Sud sempre in viaggiatori provenienti dal medesimo paese. Indagini preliminari condotte a Manaus, nello Stato di Amazonas, riportano un aumento della percentuale di casi identificati come variante P.1, dal 52,2% (35/67) nel Dicembre 2020 all'85,4% (41/48) nel gennaio 2021, evidenziando una trasmissione locale in corso e suggerendo una potenziale maggiore trasmissibilità o propensione alla reinfezione.
Al 13 Luglio 2021 la presenza di P.1 è stata verificata in 75 paesi nel mondo.
Il confronto tra Table 1 e Table 2 mostra come P.1 sia rimasto il lineage più diffuso in Brasile (paese nel quale è stata identificata per la prima volta) con una prevalenza che si attesta intorno al 86.89%.
Per quanto riguarda gli altri paesi presi in considerazione nell’analisi proposta si osserva come, al netto di lievi fluttuazioni dei valori di prevalenza, la presenza di tale variante rimanga generalmente molto ridotta.
B.1.351 (variante Beta)
La variante B.1.351 è stata identificata per la prima volta in Sud Africa nel Dicembre 2020, dove è stata a lungo la variante più diffusa. Dati preliminari indicano che anche questa variante possa essere caratterizzata da maggiore trasmissibilità, al momento non è però chiaro se provochi differenze nella gravità della malattia.
Al 13 Luglio 2021 la presenza di B.1.351 è stata verificata in 123 paesi nel mondo.
Come è possibile osservare dai dati riportati in Table 1 e Table 2, B.1.351 risulta essere molto poco diffusa al di fuori del Sud Africa, dove la sua prevalenza ha subito un notevole calo passando dal 52.13% del precedente update (periodo dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021) all’11.34% dell’analisi corrente (periodo dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021). Tale diminuzione è probabilmente dovuta al concomitante aumento della prevalenza della variante Delta (B.1.617.2).
B.1.617.2 (variante Delta)
B.1.617.2 è stato identificato per la prima volta in India nel Dicembre 2020 e si è rapidamente affermato come lineage più diffuso all’interno del paese, portando, nell’Aprile 2021, ad un estremo aumento nel numero di casi e morti giornaliere e al sovraccarico dei sistemi sanitari. Oltre a mostrare una maggiore infettività rispetto alla variante Alpha, la variante Delta viene riconosciuta in maniera meno efficace da alcuni anticorpi neutralizzanti, e pertanto è in grado di eludere, almeno parzialmente, le difese immunitarie di persone infettate da altre varianti del virus.
Al 13 Luglio 2021 la presenza di B.1.617.2 è stata verificata in almeno 111 paesi nel mondo.
Confrontando i valori riportati in Table 1 e Table 2 è subito evidente come B.1.617.2 sia il lineage maggiormente rappresentato in India (paese nel quale è stato isolato per la prima volta) e come la sua prevalenza sia ulteriormente aumentata nel periodo dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021 rispetto all’intervallo di tempo preso in considerazione nel precedente aggiornamento (dal 29 Aprile al 15 Giugno 2021), passando dall’88.41% al 97.81%. Anche nel caso del Regno Unito è possibile osservare un’ulteriore crescita della prevalenza di B.1.617.2 la quale è passata da un valore pari al 73.08% al 98.73% nell’ultimo mese.
Per quanto riguarda gli altri paesi analizzati, tanto Europei quanto extra-Europei, è possibile osservare un notevole incremento della prevalenza della variante Delta, la quale è passata dal 4.59% al 36.08% in Francia, dall’8.55% al 36.07% in Italia, dal 4.44% al 51.73% in Germania, 6.21% al 56.73% negli Stati Uniti e dal 29.87% all’82.14% in Sud Africa.
Fonti: GISAID (dati genomici), ECDC (Variants of Concern), WHO (dati epidemiologici)