Prevalenza a livello internazionale delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico
Pubblicato: 04 August 2021
Per facilitare il confronto ed identificare le varianti che potrebbero aver aumentato la propria prevalenza, vengono riportati sia i dati riferiti al periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 14 al 27 Luglio 2021 - Table 1), sia i dati riferiti al periodo precedente (dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021 - Table 2 ). Infine, i dati contenuti nelle tabelle sono rappresentati anche in forma di grafico a barre.
Table 1 riporta la prevalenza delle quattro VOC in diversi paesi (sia Europei che extra-Europei) nel periodo trascorso dall’ultimo aggiornamento (dal 14 al 27 Luglio 2021).
Table 2 riporta dati equivalenti ma riferiti al periodo precedente (dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021). In entrambe le tabelle il numero totale di genomi disponibili per ciascun paese nell’intervallo di tempo considerato è riportato nell’ultima riga.
Il grafico a barre permette di visualizzare in maniera schematica i dati contenuto in Table 1 e Table 2.
IMPORTANTE: le analisi qui riportate, per quanto siano il più possibile complete ed aggiornate, difficilmente possono offrire una panoramica sufficientemente precisa della reale situazione in quanto i dati vengono raccolti e resi disponibili in maniera frammentaria ed in modo non uniforme nel tempo. Al fine di ottenere un quadro più chiaro, in futuro sarà necessario sequenziare su base regolare un numero maggiore di sequenze genomiche e condividerle in banche dati che permettano l’accesso senza alcun tipo di restrizione.
Varianti di possibile rilevanza epidemiologica
B.1.1.7 (variante Alpha)
Emersa nel Sud del Regno Unito nel Dicembre 2020, è stata per lungo tempo la variante predominante in Europa. La variante B.1.1.7 ha dimostrato di avere una maggiore trasmissibilità rispetto alle varianti circolanti in precedenza. Osservazioni preliminari suggeriscono una maggiore gravità della malattia, anche se ulteriori verifiche sperimentali e indagini cliniche sono necessarie.
Tra lo scorso inverno e la scorsa primavera, la variante Alpha è stata a lungo la variante più prevalente in Europa, al momento attuale però la prevalenza di questa variante è in netto calo, probabilmente anche a causa della “competizione” con la variante Delta che sta rimpiazzando la variante Alpha in molti paesi Europei (si vedano highlight del 24 Giugno e del 17 Luglio 2021).
Al 27 Luglio 2021 la presenza di B.1.1.7 è stata verificata in 182 paesi nel mondo.
Andando a confrontare i valori riportati in Table 1 e Table 2 è possibile osservare come la prevalenza di B.1.1.7 in Italia abbia subito un’ulteriore riduzione nell’intervallo di tempo tra il il 14 e il 27 Luglio 2021 rispetto ai valori registrati nel periodo precedentemente analizzato (dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021), passando dal 28.86% al 6.19%. Un trend simile può essere osservato anche in altri paesi Europei, dove la prevalenza di tale lineage è significativamente calata (in alcuni casi quasi dimezzata), passando dal 24.63% al 12.12% in Francia e dal 25.76% al 4.17% in Germania. Per quanto riguarda il Regno Unito, dove B.1.1.7 è stato isolato per la prima volta ed è stato a lungo il lineage maggiormente diffuso, la prevalenza della variante Alpha si aggira ora intorno allo 0.13%. Tale diminuzione è molto probabilmente correlata alla concomitante diffusione, nel Regno Unito, della variante Delta (B.1.617.2).
Per quanto riguarda i paesi extra-Europei B.1.1.7 ha diminuito la propria presenza negli Stati Uniti nei quali la prevalenza di tale variante è passata dal 19.60% al 2.47%. Inoltre la presenza della variante Alpha si riconferma essere estremamente ridotta e ormai prossima allo 0 in Brasile, mentre non sono al momento disponibili dati riguardanti il Sud Africa nel periodo tra il 14 e il 27 Luglio 2021. Infine, in India la prevalenza di B.1.1.7 rimane prossima allo 0.
P.1 (variante Gamma)
La variante P.1 è stata per la prima volta segnalata dal Giappone il 10 Gennaio 2021 in quattro viaggiatori in arrivo dal Brasile, e successivamente identificata anche in Corea del Sud sempre in viaggiatori provenienti dal medesimo paese. Indagini preliminari condotte a Manaus, nello Stato di Amazonas, riportano un aumento della percentuale di casi identificati come variante P.1, dal 52,2% (35/67) nel Dicembre 2020 all'85,4% (41/48) nel gennaio 2021, evidenziando una trasmissione locale in corso e suggerendo una potenziale maggiore trasmissibilità o propensione alla reinfezione.
Al 27 Luglio 2021 la presenza di P.1 è stata verificata in 81 paesi nel mondo.
Il confronto tra Table 1 e Table 2 mostra come P.1 sia rimasto il lineage più diffuso in Brasile (paese nel quale è stata identificata per la prima volta) con una prevalenza lievemente in calo e che, al presente aggiornamento, si attesta intorno all’80%.
Per quanto riguarda gli altri paesi presi in considerazione nell’analisi proposta si osserva come, al netto di lievi fluttuazioni dei valori di prevalenza, la presenza di tale variante rimanga generalmente molto ridotta. In Italia la prevalenza della variante Gamma al presente aggiornamento è pari allo 0.19%.
B.1.351 (variante Beta)
La variante B.1.351 è stata identificata per la prima volta in Sud Africa nel Dicembre 2020, dove è stata a lungo la variante più diffusa. Dati preliminari indicano che anche questa variante possa essere caratterizzata da maggiore trasmissibilità, al momento non è però chiaro se provochi differenze nella gravità della malattia.
Al 27 Luglio 2021 la presenza di B.1.351 è stata verificata in 131 paesi nel mondo.
Come è possibile osservare dai dati riportati in Table 1 e Table 2, B.1.351 risulta essere molto poco diffusa, se non del tutto assente, al di fuori del Sud Africa, dove la sua prevalenza al precedente update (periodo dal 16 Giugno al 13 Luglio 2021) era in calo e pari all’11.34%. Tale diminuzione è probabilmente dovuta al concomitante aumento della prevalenza della variante Delta (B.1.617.2). Per il Sud Africa non sono tuttavia disponibili dati riguardanti la prevalenza di B.1.351 nell’intervallo di tempo preso in considerazione in questa analisi (dal 14 al 27 Luglio 2021).
B.1.617.2 (variante Delta)
B.1.617.2 è stato identificato per la prima volta in India nel Dicembre 2020 e si è rapidamente affermato come lineage più diffuso all’interno del paese, portando, nell’Aprile 2021, ad un estremo aumento nel numero di casi e morti giornaliere e al sovraccarico dei sistemi sanitari. Oltre a mostrare una maggiore infettività rispetto alla variante Alpha, la variante Delta viene riconosciuta in maniera meno efficace da alcuni anticorpi neutralizzanti, e pertanto è in grado di eludere, almeno parzialmente, le difese immunitarie di persone infettate da altre varianti del virus.
Al 27 Luglio 2021 la presenza di B.1.617.2 è stata verificata in almeno 132 paesi nel mondo.
Confrontando i valori riportati in Table 1 e Table 2 è subito evidente come B.1.617.2 sia il lineage maggiormente rappresentato in India (paese nel quale è stato isolato per la prima volta) con una prevalenza pari all’83.33%. Nel caso del Regno Unito è possibile osservare un’ulteriore lieve crescita della prevalenza di B.1.617.2 la quale è passata da un valore pari al 98.88% al 99.71% negli ultimi quindici giorni.
Per quanto riguarda gli altri paesi analizzati, tanto Europei quanto extra-Europei, è possibile osservare un notevole incremento della prevalenza della variante Delta, la quale è passata dal 40.05% al 84.85% in Francia, dal 55.81% all’83.56% in Italia, dal 66.94% all’84.72% in Germania, dal 59.84% al 73.20% negli Stati Uniti e dall’8.16% al 20% in Brasile.
Fonti: GISAID (dati genomici), ECDC (Variants of Concern), WHO (dati epidemiologici).