Distribuzione delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico
Pubblicato: 05 February 2021
L’infografica si focalizza sulla distribuzione rilevata di 3 varianti di SARS-CoV-2, meglio note come “variante Inglese (B.1.1.7)”, “variante Sudafricana (501Y.V2)” e variante “Brasiliana P.1” oggetto di approfondita osservazione per la loro potenziale rilevanza epidemiologica. La mappa (pannello superiore) indica la prevalenza di queste varianti per regione da inizio pandemia. L’istogramma (pannello inferiore) indica la prevalenza a livello nazionale nel tempo, con intervalli di 1 settimana. Per facilitare confronti e future analisi comparative, i grafici riportano anche la prevalenza di un’ulteriore variante (Variante Spagnola B.1.177), ad oggi non considerata una minaccia dal punto di vista epidemiologico, e di altre varianti per cui si hanno limitate evidenze di un potenziale rischio (sotto osservazione). Per le conoscenze attuali, queste ultime non sembrano rappresentare una fonte di rischio. Il termine “altro” è utilizzato per indicare in maniera generica tutte quelle varianti del virus che non sono associate a mutazioni di potenziale rilevanza epidemiologica.
IMPORTANTE: Dal momento che i dati sono riportati in maniera frammentaria e poco omogenea tra le diverse regioni, le informazioni riportate in questa analisi hanno valore puramente descrittivo, e non necessariamente rappresentano la situazione reale nel nostro paese.
IMPORTANTE: queste analisi, per quanto siano le più complete ed aggiornate ad oggi disponibili, difficilmente possono offrire una panoramica della reale situazione nel nostro Paese in quanto i dati sono raccolti e resi disponibili in maniera frammentaria ed in modo non uniforme nel tempo fra le diverse regioni.
In altre parole, è come osservare una fotografia a bassissima risoluzione: i dettagli sono sfocati ed è quasi impossibile sapere con un sufficiente grado di precisione quale sia la situazione reale. Per di più, è come se alcune parti della fotografia fossero state scattate in primavera, alcune in estate e in autunno e altre in inverno. Infatti, la maggior parte dei dati che abbiamo non sono allineati sia in termini di spazio che di tempo. Per migliorare la risoluzione dell’immagine, e ottenere un quadro più chiaro, in futuro sarà necessario sequenziare su una base regolare un numero maggiore di sequenze genomiche e condividere tutti i dati in banche dati che permettano l’accesso senza alcun tipo di restrizione.
Varianti di interesse epidemiologico
Variante inglese B.1.1.7
Emersa nel Sud del Regno Unito nel dicembre 2020, è attualmente la variante predominante in quel paese. Nel Regno Unito, l’incidenza dei casi di COVID-19 è aumentata dall’inizio di dicembre 2020 fino al raggiungimento di un picco all’inizio di gennaio 2021; dall'11 al 24 gennaio è stata osservata quindi una tendenza decrescente, a seguito dell’implementazione di rigorose misure di controllo sanitarie e di distanziamento sociale. Dinamiche simili sono state registrate anche in Danimarca, Irlanda e Paesi Bassi, dove la variante è stata successivamente isolata. Nel Regno Unito e in Irlanda del Nord la variante ha dimostrato di avere una maggiore trasmissibilità rispetto alle varianti circolanti in precedenza. Osservazioni preliminari suggeriscono una maggiore gravità della malattia, anche se ulteriori verifiche sperimentali e indagini cliniche sono necessarie [4].
Al momento, per l’Italia sono state depositate nella banca dati GISAID 146 sequenze genomiche di questa variante virale, tutte isolate a partire dal 14/12/2020. Dal momento che i dati non sono però stati raccolti in maniera geograficamente o temporalmente uniforme ed omogenea non è al attualmente possibile fare una stima accurata della prevalenza di questa variante nel nostro paese. L’aumento repentino del numero di genomi virali di questo tipo è infatti dovuto, almeno in parte, alla crescente attenzione che si è registrata negli ultimi 2 mesi per questa variante a livello epidemiologico, ma anche mediatico.
Variante Sud Africana 501Y.V2
La variante 501Y.V2 è stata identificata per la prima volta in Sud Africa nel dicembre 2020, dove è attualmente la variante più diffusa. Alla data del 25 gennaio 2021 è stata riportata in 31 paesi. In Sud Africa i casi settimanali sono aumentati dai primi giorni di novembre, e hanno raggiunto un picco all’inizio di gennaio. Nelle ultime due settimane il trend è decrescente. Dati preliminari indicano che anche questa variante possa essere caratterizzata da maggiore trasmissibilità; mentre al momento non è chiaro se provochi differenze nella gravità della malattia.
Al momento attuale non si registrano sequenze di questo tipo virale nella banca dati GISAID per il nostro paese. Anche se un caso sembra essere stato identificato a Varese.
Variante Brasiliana P.1
La variante P.1 è stata per la prima volta segnalata dal Giappone il 10/01/2021 in 4 viaggiatori in arrivo dal Brasile, e successivamente identificata anche in Corea del Sud in viaggiatori provenienti dal Brasile. Alla data del 25 gennaio 2021 la variante P.1 è stata segnalata in 8 paesi, compresa l’Italia. In Brasile il numero di nuovi casi settimanali nelle ultime due settimane è riportato a livelli più elevati rispetto a quello da settembre a novembre 2020, e dall’inizio di novembre sono aumentati i decessi. Indagini preliminari condotte a Manaus, nello Stato di Amazonas, riportano un aumento della percentuale di casi identificati come variante P.1, dal 52,2% (35/67) nel dicembre 2020 all'85,4% (41/48) nel gennaio 2021, evidenziando la trasmissione locale in corso e suggerendo una potenziale maggiore trasmissibilità o propensione alla reinfezione, anche se i dati disponibili sono limitati. Non sono disponibili evidenze sulla gravità della malattia, sulla frequenza delle re-infezioni e sull’efficacia del vaccino.
Nel nostro paese si evidenziano ad oggi 3 genomi virali di questo tipo.
Altre varianti
Variante Spagnola (B.1.177)
Questa variante ha raggiunto un’alta prevalenza in diversi paesi Europei la scorsa estate. La sua larga diffusione non pare comunque essere associata ad una maggiore infettività o a una migliorata capacità di evadere il sistema immunitario [5]. Non rappresenta quindi una fonte di preoccupazione. Al momento attuale nel nostro paese si registrano 928 genomi di questo tipo.
Altre varianti sotto osservazione
Recenti studi in vitro hanno evidenziato alcune mutazioni nella proteina spike che potrebbero essere associate ad una ridotta risposta immunitaria [5]. Queste mutazioni non sono associate a particolari varianti virali, e rappresentano un rischio limitato. Vengono comunque tenute sotto osservazione a scopo precauzionale. Nei grafici viene riportato il numero cumulativo di varianti di questo tipo osservato nel nostro paese.
Altro
Per completezza di informazioni il grafico riporta anche sotto la voce “altro” tutti i genomi virali associati a varianti del virus che non sono associate a caratteristiche particolari o che le rendono interessanti dal punto di vista epidemiologico.
Fonte: https://www.gisaid.org/ (dati genomici)
Fonte: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports (aggiornamenti epidemiologici WHO)
Riferimenti bibliografici
[1] “Weekly epidemiological update -27January 2021” (https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update—27-january-2021)
[2] “European Centre for Disease Prevention and Control. Risk related to spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA, first update –21 January 2021. ECDC: Stockholm; 2021.” (https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf)
[3] “European Centre for Disease Prevention and Control. Sequencing of SARS-CoV-2: first update. 18 January 2021. ECDC: Stockholm; 2021. (https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Sequencing-of-SARS-CoV-2-first-update.pdf)
[4] NERVTAG paper on COVID-19 variant of concern B.1.1.7. The Government of the United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland; 2021. Available at: https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-paper-on-covid-19-variant-of-concern-b117
[5] COG-UK report on SARS-CoV-2 Spike mutations of interest in the UK — 15th January 2021. Available at: https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2021/01/Report-2_COG-UK_SARS-CoV-2-Mutations.pdf