Prevalenza delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico
Pubblicato: 27 February 2021
Le tabelle riportano la prevalenza (percentuale di tutti i genomi disponibili) rilevata di 3 varianti di SARS-CoV-2, meglio note come “variante Inglese (B.1.1.7)”, “variante Sudafricana (501Y.V2)” e variante “Brasiliana P.1”, oggetto di approfondita osservazione per la loro potenziale rilevanza epidemiologica. Tabella 1 riporta la prevalenza delle 3 varianti in diversi paesi nell’ultimo mese (tra il 27/01/2021 e il 26/02/2021). Tabella 2 riporta dati equivalenti ma riferiti al mese precedente (tra il 27/12/200 e il 26/01/2021). In entrambe le tabelle il numero totale di genomi disponibili per ciascun paese nell’intervallo di tempo considerato è riportato nell’ultima riga. Tabella 3, riporta la prevalenza delle varianti sopra citate nelle diverse regioni italiane. Le prevalenze sono state calcolate sia utilizzando tutti i genomi disponibili (Globale), sia i genomi depositati in banca dati tra il 27/01/2021 e il 26/02/2021 (Dal 27/01 al 26/02). La colonna “Totale genomi” riporta il numero di genomi considerati ai fini del calcolo della prevalenza.
IMPORTANTE: Dal momento che i dati sono riportati in maniera frammentaria e poco omogenea tra le diverse regioni italiane e tra diversi paesi, le informazioni riportate in questa analisi hanno valore puramente descrittivo e non necessariamente rappresentano la situazione reale.
IMPORTANTE: queste analisi, per quanto siano le più complete ed aggiornate ad oggi disponibili, difficilmente possono offrire una panoramica della reale situazione in quanto i dati sono raccolti e resi disponibili in maniera frammentaria ed in modo non uniforme nel tempo.
In altre parole, è come osservare una fotografia a bassissima risoluzione: i dettagli sono sfocati ed è quasi impossibile sapere con un sufficiente grado di precisione quale sia la situazione reale. Per migliorare la risoluzione dell’immagine, e ottenere un quadro più chiaro, in futuro sarà necessario sequenziare su una base regolare un numero maggiore di sequenze genomiche e condividere tutti i dati in banche dati che permettano l’accesso senza alcun tipo di restrizione.
Varianti di interesse epidemiologico
Variante inglese B.1.1.7
Emersa nel Sud del Regno Unito nel dicembre 2020, è attualmente la variante predominante in quel paese. Nel Regno Unito, l’incidenza dei casi di COVID-19 è aumentata dall’inizio di dicembre 2020 fino al raggiungimento di un picco all’inizio di gennaio 2021; dall'11 al 24 gennaio è stata osservata quindi una tendenza decrescente, a seguito dell’implementazione di rigorose misure di controllo sanitarie e di distanziamento sociale. Dinamiche simili sono state registrate anche in Danimarca, Irlanda e Paesi Bassi, dove la variante è stata successivamente isolata. Nel Regno Unito e in Irlanda del Nord la variante ha dimostrato di avere una maggiore trasmissibilità rispetto alle varianti circolanti in precedenza. Osservazioni preliminari suggeriscono una maggiore gravità della malattia, anche se ulteriori verifiche sperimentali e indagini cliniche sono necessarie [4].
Al momento, per l’Italia sono state depositate nella banca dati GISAID 958 sequenze genomiche di questa variante virale (su un totale di 5830), tutte isolate a partire dal 14/12/2020. Da un confronto diretto tra Tabella 1 e Tabella 2, è possibile osservare che la prevalenza di questa variante sembrerebbe essere sensibilmente aumentata nel nostro paese tra Gennaio e Febbraio (dal 23.5 al 60.2% dei casi). Lo stesso trend si osserva in Francia. Mentre nel Regno Unito, B.1.1.7 è diventata nettamente la variante più prevalente, già a partire da gennaio. La variante mostra una prevalenza ridotta in paesi extraEuropei quali Stati Uniti D’America, Brasile o Sud Africa.
Osservando Tabella 3 è possibile notare che, stando ai dati ad oggi disponibili, la distribuzione di B.1.1.7 non è sembrerebbe uniforme nelle diverse regioni italiane, ma in questo caso è bene sottolineare che i dati non sono stati raccolti in maniera geograficamente o temporalmente uniforme ed omogenea (si vedano 0 e/o valori mancanti “NA”).
Per questo motivo, al momento attuale non è possibile ricavare una stima accurata della prevalenza di questa variante sul territorio nazionale basandosi esclusivamente sui dati di sequenziamento del genoma.
É bene infatti rimarcare che, l’aumento repentino del numero di genomi virali di questo tipo è dovuto, almeno in parte, alla crescente attenzione che si è registrata negli ultimi 2 mesi per questa variante a livello epidemiologico, ma anche mediatico. Questo fenomeno potrebbe aver portato a sovrastimarne la prevalenza. Una considerazione che si applica in modo particolare alle regioni italiane nelle quali la variante sembra raggiungere una prevalenza maggiore del 90%.
Variante Sud Africana 501Y.V2
La variante 501Y.V2 è stata identificata per la prima volta in Sud Africa nel dicembre 2020, dove è attualmente la variante più diffusa. Alla data del 26 febbraio 2021 è stata riportata in 48 paesi. In Sud Africa i casi settimanali sono aumentati dai primi giorni di novembre, e hanno raggiunto un picco all’inizio di gennaio. Dati preliminari indicano che anche questa variante possa essere caratterizzata da maggiore trasmissibilità; mentre al momento non è chiaro se provochi differenze nella gravità della malattia.
Al momento attuale per il nostro paese si registrano solamente 2 sequenze di questo tipo virale nella banca dati GISAID. Dati i numeri esigui, ogni considerazione sulla prevalenza di 501Y.V2 nel nostro paese sarebbe superflua.
Come è possibile notare osservando Tabella 1 e Tabella 2 questa variante è associata ad una proporzione molto significativa (~90%) dei genomi di SARS-CoV-2 sequenziati in Sud Africa, ma non raggiunge una prevalenza elevata negli altri paesi considerati in queste analisi.
Variante Brasiliana P.1
La variante P.1 è stata per la prima volta segnalata dal Giappone il 10/01/2021 in 4 viaggiatori in arrivo dal Brasile, e successivamente identificata anche in Corea del Sud in viaggiatori provenienti dal Brasile. Alla data del 26 febbraio 2021 la variante P.1 è stata segnalata in 25 paesi, Italia compresa. Indagini preliminari condotte a Manaus, nello Stato di Amazonas, riportano un aumento della percentuale di casi identificati come variante P.1, dal 52,2% (35/67) nel dicembre 2020 all'85,4% (41/48) nel gennaio 2021, evidenziando la trasmissione locale in corso e suggerendo una potenziale maggiore trasmissibilità o propensione alla reinfezione.
Questi dati sono in linea con quelli riportati in Tabella 2. Mentre stando ai dati disponibili per il periodo Gennaio-Febbraio, riportati in Tabella 1 la prevalenza di P.1 sembrerebbe in calo. É bene sottolineare però che queste analisi sono basate su un numero esiguo di genomi (solo 38).
Al momento attuale si registrano solamente 12 sequenze di questo tipo virale nella banca dati GISAID per il nostro paese. Anche in questo caso, visti i numeri esigui, ogni considerazione sulla prevalenza di questa variante in Italia sarebbe prematura.
Fonte: https://www.gisaid.org/ (dati genomici)
Fonte: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports (aggiornamenti epidemiologici WHO)
Riferimenti bibliografici
[1] “Weekly epidemiological update -27January 2021” (https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update—27-january-2021)
[2] “European Centre for Disease Prevention and Control. Risk related to spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA, first update –21 January 2021. ECDC: Stockholm; 2021.” (https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf)
[3] “European Centre for Disease Prevention and Control. Sequencing of SARS-CoV-2: first update. 18 January 2021. ECDC: Stockholm; 2021. (https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Sequencing-of-SARS-CoV-2-first-update.pdf)
[4] NERVTAG paper on COVID-19 variant of concern B.1.1.7. The Government of the United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland; 2021. Available at: https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-paper-on-covid-19-variant-of-concern-b117