Condivisione dei dati genomici dei patogeni
27 April 2022
Nel corso degli ultimi vent’anni i metodi di sequenziamento del genoma sono progressivamente divenuti uno strumento fondamentale per la ricerca scientifica in campo biomedico. Il recente sviluppo di nuove tecnologie di sequenziamento ad alta capacità (NGS) non solo ha offerto un’alternativa ai metodi tradizionali, ma ha anche permesso di sviluppare una serie di metodiche innovative, consentendo ai ricercatori di studiare fenomeni biologici in maniera quantitativa, su larga scala ed in tempi molto rapidi.
L’interpretazione dei dati derivati dal sequenziamento, tuttavia, dipende in larga parte dal confronto dei dati stessi con banche dati di sequenze preesistenti o dall’utilizzo di strumenti d’analisi i cui modelli interpretativi si basano su sequenze di “riferimento”; per questa ragione la condivisione dei dati di sequenziamento è un aspetto chiave della ricerca scientifica.
Qui si ripercorrono brevemente i principi alla base della condivisione dei dati di sequenziamento, ponendo particolare attenzione alla casistica riguardante le sequenze genetiche di organismi patogeni. Il sequenziamento del genoma di questi ultimi, infatti, è diventato uno strumento fondamentale per il monitoraggio delle malattie infettive e, per questa ragione, la condivisione di tali dati rappresenta un aspetto fondamentale tanto per la ricerca quanto per gli enti che si occupano della tutela della salute pubblica.
Il testo riprende le argomentazioni esplicitate in un “white paper”, non ancora pubblicato, firmato da alcuni prestigiosi scienziati di fama internazionale e consultabile al seguente link.
Leggi di più L’interpretazione dei dati derivati dal sequenziamento, tuttavia, dipende in larga parte dal confronto dei dati stessi con banche dati di sequenze preesistenti o dall’utilizzo di strumenti d’analisi i cui modelli interpretativi si basano su sequenze di “riferimento”; per questa ragione la condivisione dei dati di sequenziamento è un aspetto chiave della ricerca scientifica.
Qui si ripercorrono brevemente i principi alla base della condivisione dei dati di sequenziamento, ponendo particolare attenzione alla casistica riguardante le sequenze genetiche di organismi patogeni. Il sequenziamento del genoma di questi ultimi, infatti, è diventato uno strumento fondamentale per il monitoraggio delle malattie infettive e, per questa ragione, la condivisione di tali dati rappresenta un aspetto fondamentale tanto per la ricerca quanto per gli enti che si occupano della tutela della salute pubblica.
Il testo riprende le argomentazioni esplicitate in un “white paper”, non ancora pubblicato, firmato da alcuni prestigiosi scienziati di fama internazionale e consultabile al seguente link.
Prevalenza varianti SARS-CoV-2 in Italia (Rapporto ISS n. 18 e Indagine Rapida ISS del 7 Marzo 2022)
08 April 2022
A partire da Aprile 2021, mese di attivazione della piattaforma integrata per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co-Gen), l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) con il supporto della Fondazione Bruno Kessler e in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Province Autonome (PPAA), ha avviato e coordina un’indagine volta al controllo della diffusione delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico sul territorio italiano. I risultati di tale indagine vengono rilasciati periodicamente sotto forma di report (maggiori dettagli qui).
La tabella allegata offre una panoramica dei risultati presentati nel report più recente (dati genomici del 7 Marzo 2022) e, per facilitare il confronto e l’identificazione di varianti la cui prevalenza è aumentata o diminuita, di quelli contenuti nel report immediatamente precedente (dati genomici del 31 Gennaio 2022).
Leggi di più La tabella allegata offre una panoramica dei risultati presentati nel report più recente (dati genomici del 7 Marzo 2022) e, per facilitare il confronto e l’identificazione di varianti la cui prevalenza è aumentata o diminuita, di quelli contenuti nel report immediatamente precedente (dati genomici del 31 Gennaio 2022).
ELIXIR-CONVERGE WP9 Webinar
15 March 2022
30 Marzo 2022 - h. 10:00-12:00 - Online, Registrazione obbligatoria
Un webinar il cui obiettivo primario è quello di illustrare gli aspetti legali legati alla gestione dei dati genomici di SARS-CoV-2 in Europa. Il seminario è rivolto in particolar modo a coloro che agiscono come intermediari per la condivisione dei dati tra i sistemi sanitari, le infrastrutture di ricerca e le maggiori piattaforme pubbliche di data sharing.
Il focus dell’evento è la presentazione di una serie di esempi che mettano in luce gli aspetti legali relativi all’elaborazione e la condivisione delle informazioni genetiche, personali e fenotipiche dei pazienti e come questi aspetti vengano gestiti in diversi Paesi.
Maggiori informazioni riguardanti il programma dell’evento e il modulo per l’iscrizione sono disponibili al seguente link.
Leggi di più Un webinar il cui obiettivo primario è quello di illustrare gli aspetti legali legati alla gestione dei dati genomici di SARS-CoV-2 in Europa. Il seminario è rivolto in particolar modo a coloro che agiscono come intermediari per la condivisione dei dati tra i sistemi sanitari, le infrastrutture di ricerca e le maggiori piattaforme pubbliche di data sharing.
Il focus dell’evento è la presentazione di una serie di esempi che mettano in luce gli aspetti legali relativi all’elaborazione e la condivisione delle informazioni genetiche, personali e fenotipiche dei pazienti e come questi aspetti vengano gestiti in diversi Paesi.
Maggiori informazioni riguardanti il programma dell’evento e il modulo per l’iscrizione sono disponibili al seguente link.
Prevalenza varianti SARS-CoV-2 in Italia (Indagini Rapide ISS del 17 e del 31 Gennaio 2022)
18 February 2022
A partire da Aprile 2021, mese di attivazione della piattaforma integrata per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co-Gen), l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) con il supporto della Fondazione Bruno Kessler e in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Province Autonome (PPAA), ha avviato e coordina un’indagine volta al controllo della diffusione delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico sul territorio italiano. I risultati di tale indagine vengono rilasciati periodicamente sotto forma di report (maggiori dettagli qui).
La tabella allegata offre una panoramica dei risultati presentati nei report più recenti (dati genomici del 17 e del 31 Gennaio 2022) e, per facilitare il confronto e l’identificazione di varianti la cui prevalenza è aumentata o diminuita, di quelli contenuti nel report immediatamente precedente (dati genomici del 3 Gennaio 2022).
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A partire da Aprile 2021, mese di attivazione della piattaforma integrata per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co-Gen), l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) con il supporto della Fondazione Bruno Kessler e in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Province Autonome (PPAA), ha avviato e coordina un’indagine volta al controllo della diffusione delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico sul territorio italiano. I risultati di tale indagine vengono rilasciati periodicamente sotto forma di report (maggiori dettagli qui).
Per facilitare il confronto e l’identificazione di varianti che possono aver aumentato/diminuito la propria prevalenza, la tabella allegata offre una panoramica dei risultati presentati nel report più recente (dati genomici del 3 Gennaio 2022) e di quelli contenuti nei report immediatamente precedenti (dati genomici del 6 e del 20 Dicembre 2021).
Leggi di più Per facilitare il confronto e l’identificazione di varianti che possono aver aumentato/diminuito la propria prevalenza, la tabella allegata offre una panoramica dei risultati presentati nel report più recente (dati genomici del 3 Gennaio 2022) e di quelli contenuti nei report immediatamente precedenti (dati genomici del 6 e del 20 Dicembre 2021).
Prevalenza varianti SARS-CoV-2 in Italia (Rapporto ISS n. 15 e Indagine Rapida ISS del 20 Dicembre 2021)
14 January 2022
A partire da Aprile 2021, mese di attivazione della piattaforma integrata per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co-Gen), l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) con il supporto della Fondazione Bruno Kessler e in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Province Autonome (PPAA), ha avviato e coordina un’indagine volta al controllo della diffusione delle varianti di SARS-CoV-2 di potenziale interesse epidemiologico sul territorio italiano. I risultati di tale indagine vengono rilasciati periodicamente sotto forma di report (maggiori dettagli qui).
Per facilitare il confronto e l’identificazione di varianti che possono aver aumentato/diminuito la propria prevalenza, la tabella allegata offre una panoramica dei risultati presentati nei report più recenti (dati genomici del 6 e del 20 Dicembre 2021) e di quelli contenuti nel report immediatamente precedente (dati genomici del 28 Settembre 2021).
Il presente aggiornamento riporta due set di dati raccolti nel corso del mese di Dicembre 2021. La decisione di eseguire una doppia Indagine Rapida in un così breve lasso di tempo è stata presa da ISS in seguito all’osservazione di una rapida crescita del numero di sequenze riconducibili alla nuova Variant of Concern (VOC) Omicron depositate nella piattaforma I-Co-Gen.
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Il presente aggiornamento riporta due set di dati raccolti nel corso del mese di Dicembre 2021. La decisione di eseguire una doppia Indagine Rapida in un così breve lasso di tempo è stata presa da ISS in seguito all’osservazione di una rapida crescita del numero di sequenze riconducibili alla nuova Variant of Concern (VOC) Omicron depositate nella piattaforma I-Co-Gen.